Regnen ramte som ventet Sepang-banen, der midt i Q2 blev badet i en blanding af solskin og regn.
Vejret betød, at timing og dækvalg blev altafgørende, og her var Sebastian Vettel og Red Bull Racing bedst i Q3. Med kort tid tilbage af sessionen var det Lewis Hamilton, der var hurtigst.
Mercedes AMG Petronas-køreren havde set stærk ud også i tørvejr, men på den optørrende bane, hvor første halvdel af Sepang var tør, mens der lå vand på den anden halvdel, var det intermediate-dækkene, der gav pote.
Fernando Alonso var først blandt topkørerne til at komme over stregen og tog godt et sekund ud af Hamiltons tid. Kort efter kom så Vettel og satte Alonso tilbage med yderligere et sekund. Felipe Massa kneb som næstsidste mand over stregen sig ind mellem de to duellanter og sikrede sig igen et overraskende stærkt kval-resultat. Lewis Hamilton kunne ikke gøre noget ved de tre foran sig på sin sidste flyvende omgang.
Mark Webber, Nico Rosberg og Kimi Räikkönen tabte i dækgamblet, mens Jenson Button med ottendepladsen var glad for regnen. Adrian Sutil og Sergio Perez rundede Q3 af, mens Romain Grosjean blev fanget i regnvejret i Q2 og ikke gik videre.
Resultatet af kvalifikationen til Malaysias Grand Prix:
| 1 | Sebastian Vettel | Red Bull Racing-Renault | 1:37.899 | 1:37.245 | 1:49.674 |
| 2 | Felipe Massa | Ferrari | 1:37.712 | 1:36.874 | 1:50.587 |
| 3 | Fernando Alonso | Ferrari | 1:37.314 | 1:36.877 | 1:50.727 |
| 4 | Lewis Hamilton | Mercedes | 1:37.513 | 1:36.517 | 1:51.699 |
| 5 | Mark Webber | Red Bull Racing-Renault | 1:37.619 | 1:36.449 | 1:52.244 |
| 6 | Nico Rosberg | Mercedes | 1:37.239 | 1:36.190 | 1:52.519 |
| 7 | Kimi Räikkönen | Lotus-Renault | 1:36.959 | 1:36.640 | 1:52.970 |
| 8 | Jenson Button | McLaren-Mercedes | 1:37.487 | 1:37.117 | 1:53.175 |
| 9 | Adrian Sutil | Force India-Mercedes | 1:36.809 | 1:36.834 | 1:53.439 |
| 10 | Sergio Perez | McLaren-Mercedes | 1:37.702 | 1:37.342 | 1:54.136 |
| 11 | Romain Grosjean | Lotus-Renault | 1:37.363 | 1:37.636 | |
| 12 | Nico Hulkenberg | Sauber-Ferrari | 1:37.931 | 1:38.125 | |
| 13 | Daniel Ricciardo | STR-Ferrari | 1:37.722 | 1:38.822 | |
| 14 | Esteban Gutierrez | Sauber-Ferrari | 1:37.707 | 1:39.221 | |
| 15 | Paul di Resta | Force India-Mercedes | 1:37.493 | 1:44.509 | |
| 16 | Pastor Maldonado | Williams-Renault | 1:37.867 | Ingen tid | |
| 17 | Jean-Eric Vergne | STR-Ferrari | 1:38.157 | ||
| 18 | Valtteri Bottas | Williams-Renault | 1:38.207 | ||
| 19 | Jules Bianchi | Marussia-Cosworth | 1:38.434 | ||
| 20 | Charles Pic | Caterham-Renault | 1:39.314 | ||
| 21 | Max Chilton | Marussia-Cosworth | 1:39.672 | ||
| 22 | Giedo van der Garde | Caterham-Renault | 1:39.932 |
